I 1437 fik Malmø sit byvåben med den skånske grif af Erik
af Pommern. Kong Erik lod også opføre Malmøhus fæstning.
I den danske reformation spillede Malmø en vigtig rolle. Malmø-borgmesteren
Hans Mikkelsen oversatte sammen med den i samme by bosatte lunde-kannik Christiern
Pedersen Det nye testamente til dansk, og Malmø-præsten Claus Mortensen
Tøndebinder udgav den første danske salmebog, (Malmø-Salmebogen).

Ved freden i Roskilde i 1658 mistede Danmark Malmø sammen med resten
af Skånelandene til Sverige.I 1659 blev ni af medlemmerne i
Malmøsammensværgelsen, der havde som formål at befri Skåne
fra det svenske herredømme, dømt til døden. Henrettelserne
blev gennemført på Store Torv (på svensk: Stortorget). Da
Bartholomæus Mikkelsen, Johan Jørgensen og Jokim Brun var halshugget
blev resten af dødsdommene ændret til landsforvisning.På
samme sted henrettedes i 1678 Jørgen Krabbe.

Anlægningen af havnen påbegyndes 1775 af Frans Suell. Kockums værksteder
grundlægges 1840. En af Sveriges første jernbaner indvies mellem
Malmø og Lund 1856. I 1880-erne har den svenske arbejderbevægelses
pionerer, August Palm og Axel Danielsson Malmø som base. Sporvejen i
Malmø indvies 1887. Den baltiske udstilling i Pildammsparken 1914. Stadsteatern
i funkisstil indvies 1944. VM i fodbold på det nyindviede Malmö Stadion
1958. Malmö Högskola grundlægges 1997. I Malmø findes
Sveriges højeste bygning på 190 m, Turning Torso.